ホウレンソウケナガコナダニは年間を通して発生するが、特に雨除け栽培のホウレンソウで被害が多発する。本種は比較的低温（20℃）を好むため、夏季（7～8月）は発生が少なく、春（3～6月）と秋（9～11月）に多く発生する。卵から成虫まで発育所要日数は20℃で約20日であり、温度が高くなるにつれ産卵数及び孵化率は低下する。本種は高湿度を好み、ホウレンソウが播種されて土壌が水分を多く含む時期は土壌中に生息しているが、土壌が乾燥し始めると、高湿度環境を求めてホウレンソウの成長点部分に侵入・加害する。

ホウレンソウの新芽や新葉を主に加害する。加害された新葉はその後展開すると、コブ状の小突起や小さな穴が生じ、新芽への被害が激しい場合は褐変し、芯止まりが発生する。作物残渣、未成熟堆肥などの有機質資材、ハウス内で発生する藻も増殖源となるため、前作の残渣や藻類の漉き込みや未成熟堆肥を施用すると本種による被害が多発しやすいため注意が必要である。